potpuna ljudski Genom dovršena je sekvenca dva X kromosoma i autosoma iz stanične linije porijeklom iz ženskog tkiva. To uključuje 8% od Genom sekvenca koja je nedostajala u izvornom nacrtu koji je objavljen 2001.
potpuna ljudski Genom sekvencu svih 3.055 milijardi parova baza otkrio je konzorcij Telomere-to-Telomere (T2T). Ovo predstavlja najveće poboljšanje u ljudski upućivanje Genom koji su 2001. objavili Celera Genomics i International Ljudski Genoma Konzorcij za sekvenciranje. Da Genom sekvenca je pokrivala većinu eukromatskih regija dok je ili izostavljala heterokromatinske regije ili predstavljala pogrešan prikaz. Ove regije čine 8% od ljudski Genom to je konačno otkriveno. Nova referenca T2T-CHM131 uključuje kompletnu sekvencu za sva 22 autosoma plus kromosom X. Ova nova referentna sekvenca također je ispravila brojne pogreške i dodala približno 200 milijuna bp novih sekvenci koje sadrže 2,226 kopija gena, od kojih se predviđa da 115 kodira proteine.
Trenutačni referentni genom GRCh38.p13 nastao je kao rezultat dva velika ažuriranja, jednog 2013. i drugog 2019. na sekvenci genoma Celera iz 2001. Međutim, još uvijek je imao 151 milijun parova baza nepoznatog niza raspoređenih po cijelom prostoru Genom, uključujući pericentromerne i sub telomerne regije, duplikacije, nizove gena i ribosomske DNA (rDNA), a sve je to neophodno za temeljne stanične procese. Nova referenca nazvana je kao T2T-CHM13 jer dolazi od sekvenciranja DNK iz CHM13 (Complete Hydatiform Mole) stanične linije, a izvodi je T2T konzorcij. Stanična linija potječe iz abnormalnog oplođenog jajašca ili prekomjernog rasta tkiva iz placente u kojem se čini da je žena trudna (lažna trudnoća), stoga sekvenca predstavlja samo dva X kromosoma i autosome žene. Korištene su više tehnologija sekvenci kao što su PacBio, Oxford Nanopore, 100X i 70X Illumina sekvenceri da spomenemo samo neke. Tehnološki napredak u sekvencioniranju doveo je do sekvencioniranja preostalih 8% kako je gore spomenuto.
Jedino ograničenje slijeda T2T-CHM13 je nedostatak Y kromosoma. Ovo sekvenciranje je trenutno u tijeku, koristeći DNK iz stanične linije HG002, koja ima 46 (23 para) s XY kariotipom. Slijed će se zatim sastaviti korištenjem istih metoda razvijenih za homozigotni genom CHM13.
Dostupnost T2T-CHM13 kao nove reference Genom predstavlja veliki proboj koji će pomoći u razumijevanju uloge heterokromatinskih regija i detaljnije razumjeti njegove učinke na stanične procese. Dok se sekvenciranje Y kromosoma ne završi, ovo će služiti kao referentni genom za buduća istraživanja u razumijevanju staničnih procesa i funkcija.
***
Reference
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. Potpuni niz a ljudski genom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
